법의 한계에 대해 고민하던 천재 고등학생 '토카에이다 신소(東海枝辰聡)' 그는 어느날 우연히 데스노트를 줍게 된다. 「노트에 이름이 적힌 자는 죽는다.」 라는 문장에 반신반의 하며 뉴스 속보로 생중계된 범죄자의 이름을 적게 되는데... 노트의 엄청난 비밀을 알게 된 '신소'는 자신의 손으로 범죄자를 처단하고 이상적인 세계를 만들어 가기로 결심한다. 세계 각지의 범죄자들이 의문의 심장마비로 사망하고 사람들은 범죄자를 처단하는 존재를 '키라' 라고 부르며 신봉하기 시작한다. 그러나 이 의문의 사건을 해결하기 위해 인터폴에서는 베일에 싸인 명탐정 '에스[S]'를 보내게 되는데... 데스노트의 힘으로 새로운 세상의 신이 되고자 하는 '신소'와 천재적인 추리로 수많은 데이터를 분석해 '키라'의 정체에 한발한발 다가서는 '에스[S]', 정의의 이름을 건 두 천재의 치열한 두뇌 싸움이 시작된다.