어머니와 아버지의 사정으로 시골로 이사 온 초등학교 5학년생 '타네타니 렌'는 부모가 다녔던 아마노가와 초등학교에 전입을 오게 되었다. 렌과 토우야는 학교의 구교사를 헤매다 거기서 요괴들의 습격을 받게 된다. 렌 일행은 그곳에서 토우야의 어머니가 남긴 '요괴일기'를 발견하고, 거기에 쓰인 방법을 따라 요괴를 격퇴한다.

 

그 순간, 요괴 '아마노자쿠'가 애완 고양이 안으로 봉인되어버린다. 고양이한테서 아마노자쿠를 쫓아내기 위해 구교사 안의 다른 요괴를 퇴치해야 한다는 것을 알고서, 렌과 토우야는 '요괴일기'의 정보를 토대로 다른 요괴들을 퇴치하기 시작한다.