가족의 급환 소식에 고향에 내려가게 된 슈미트는 그곳에서 영혼이 빠져나간 듯한 형의 모습을 마주한다. 이후 형을 고치기 위해 수소문 하던 중, 연금술사들 사이에서 등가교환의 법칙을 무시한다는 현자의 돌에 대한 소문을 듣게 되고...

떠나기 전 형의 물품을 정리하던 중, 그의 일기를 발견한 슈미트는 형이 소중한 사람을 되살리 수 있다는 종교에 빠져 인체 연성을 시도했다는 사실을 알게 돼 이를 부추긴 종교를 쫒기 시작한다.